Le truc, c'est l'option -name de xterm ou rxvt. Cela vous permet de changer WM_CLASS dans le menu "attributes" et d'assigner une icône unique.
rxvt -name foo -title Testing
Ensuite faites une click droit sur la barre de titre pour avoir le menu "attributes", et vous serez en mesure d'éditer les propriétés pour foo.XTerm (ie: assigner une icône unique)